国土建设工程学院严格按照学校章程，实行党政联席会议集体决策制度下的院长负责制。下设综合办公室、学生工作办公室、实习实训管理办公室三个科室，工程造价专业教研室、建筑经济管理专业教研室、地下与隧道工程技术专业教研室、土木工程检测技术专业教研室、工程管理（应用本科）专业教研室共5个专业教研室。